بر اساس تازه‌ترین نتایج رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی ایران، دانشگاه تهران در سال گذشته (1390)، برای دومین سال متوالی رتبه اول دانشگاه‌های کشور را کسب کرده است. بر اساس رتبه‌بندی ISC «پایگاه استنادی علوم جهان اسلام»، دانشگاه تهران با صد امتیاز رتبه اول و دانشگاه‌های صنعتی شریف، صنعتی امیرکبیر، تربیت مدرس و دانشگاه علم و صنعت به ترتیب رتبه‌های دوم تا پنجم را کسب کرده‌اند. در همین رابطه، به گفته دکتر جعفر مهراد، رئیس مرکز منطقه‌ای اطلاع رسانی علوم و فناوری در رتبه‌بندی دانشگاه‌ها از پنج معیار کلی پژوهشی، آموزشی، وجهه بین‌المللی، امکانات و فعالیت‌های اجتماعی - اقتصادی استفاده شده است. بر اساس این رتبه‌بندی، دانشگاه‌های شیراز، صنعتی اصفهان، فردوسی مشهد، شهید بهشتی تهران و دانشگاه تبریز به ترتیب رتبه‌های ششم تا دهم را کسب کرده‌اند. در این میان دانشگاه خوارزمی (تربیت معلم تهران) که در سال 1389 رتبه 19 این جدول بوده، سال گذشته به رتبه 26 تنزل کرده است. همچنین بر اساس این رتبه‌بندی، از 30 دانشگاه وابسته به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی که در این رتبه‌بندی شرکت کرده‌اند، «دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران» با کسب 61/56 امتیاز از 100 امتیاز در رتبه اول قرار گرفته است. دانشگاه علوم پزشکی شیراز، دانشگاه پزشکی شهید بهشتی تهران، دانشگاه پزشکی اصفهان، تبریز و مشهد به ترتیب در رتبه‌های دوم تا ششم قرار گرفته‌اند. دکتر مهراد همچنین گفت که بخش اطلاعات مربوط به تولیدات علمی دانشگاه‌ها فقط توسط کارشناسان و اعضای هیأت علمی پایگاه استنادی علوم جهان اسلام از پایگاه پژوهشی «تامسون رویترز» استخراج می‌شود و تعداد و کیفیت و میزان تأثیرگذاری مقالات از نکات مهم این رتبه‌بندی است. به گفته وی قرار بوده این نتایج پیش از پایان سال 1390 منتشر شود اما به دلیل تأخیر در ارسال اطلاعات به پایگاه استنادی علوم جهان اسلام، این کار با تأخیر انجام شده است. دسترسی به رتبه دانشگاه‏ها و مؤسسات پژوهشی و امتیازات کسب شده از طریق نشانی http://ur.isc.gov.ir امکان‏پذیر است. بر اساس رتبه‌بندی دانشگاه‌های برتر جهان که توسط مؤسسه تایمز در اکتبر سال 2011 منتشر شد، برای اولین بار، دانشگاه صنعتی شریف در رتبه‌های بین 301 تا 350 دانشگاه‌های‌ برتر جهان قرار گرفت.