یکی دیگر از اهداف مهندسی عصبی گسترش سیستم های ارتباطی مغز با کامپیوتر بر مبنای سیگنال های مغزی است. بسیاری از افراد درنتیجه سانحه و یا بدلیل بیماری توانائی های حسی حرکتی خود را از دست داده اند و قادر به انجام کارهای روزمره نیستند. پیشرفت تکنولوژی در دو دهه اخیر امکانات قابل توجهی برای این گروه از افراد مهیا کرده است. از جمله ایجاد کانال های ارتباطی بین مغز انسان و کامپیوتر (BCI) است. سیستم های BCI این امکان را می دهد تا به کمک سیگنال های مغزی بتوان یک افزاره مانند صندلی چرخدار یا یک پروتز مصنوعی را کنترل کرد. تایپ کردن و کار کردن با کامیپوتر با استفاده از سیگنال های مغزی از اهداف دیگر این سیستم ها است.
از اهداف مرکز فناوری عصبی ایران، گسترش سیستم های واسط مغز-کامپیوتر برای اهداف مختلف است.، آزمایشگاه سیستم های واسط مغز-کامپیوتر مرکز، امکانات لازم را برای گسترش چنین سیستم هائی فراهم نموده است. در این راستا گسترش سیستم هائی که در مغز جهت مانیتور کردن وضعیت آن کاشته می شوند، مورد توجه است.
آزمایشگاه عایق صوتی و الکترومغناطیسی بوده و مجهز به سیستم اخذ سیگنالهای مغزی g.USPamp است: