ولادت آن حضرت در روز اول ذیقعده سال ١٧٣ هجری قمری در مدینه منوره واقع شده است. نام شریف آن بزرگوار فاطمه و مشهورترین لقب آن حضرت، «معصومه» است. پدر بزرگوارش امام هفتم شیعیان حضرت موسی بن جعفر (ع) و مادر مکرمه اش حضرت نجمه خاتون (س) است . آن بانو مادر امام هشتم نیز هست . لذا حضرت معصومه (س) با حضرت رضا (ع) از یک مادر هستند.دیری نپایید که در همان سنین کودکی مواجه با مصیبت شهادت پدر گرامی خود در حبس هارون در شهر بغداد شد. لذا از آن پس تحت مراقبت و تربیت برادر بزرگوارش حضرت علی بن موسی الرضا (ع) قرارگرفت. 
در سال ٢٠٠ هجری قمری در پی اصرار و تهدید مأمون عباسی سفر تبعید گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون این که کسی از بستگان و اهل بیت خود را همراه ببرند راهی خراسان شدند. 
یک سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (س) به شوق دیدار برادر و ادای رسالت زینبی و پیام ولایت به همراه عده ای از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حرکت کرد و در هر شهر و محلی مورد استقبال مردم واقع می شد. 
این جا بود که آن حضرت نیز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زینب(س) پیام مظلومیت و غربت برادر گرامیشان را به مردم مؤمن و مسلمان می رساندند و مخالفت خود و اهلبیت (ع) را با حکومت حیله گر بنی عباس اظهار می کرد. بدین جهت تا کاروان حضرت به شهر ساوه رسید عده ای از مخالفان اهلبیت که از پشتیبانی مأموران حکومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتیجه تقریباً همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتی بنابر نقلی حضرت(س) معصومه را نیز مسموم کردند. 
به هر حال ، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسید: از این شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببرید، زیرا از پدرم شنیدم که می فرمود: شهر قم مرکز شیعیان ما است.
بزرگان شهر قم وقتی از این خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالی که «موسی بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعری» زمام ناقه آن حضرت را به دوش می کشید و عده فراوانی از مردم پیاده و سواره گرداگرد کجاوه حضرت در حرکت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربیع الاول سال ٢٠١ هجری قمری حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلی که امروز «میدان میر» نامیده می شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسی بن خزرج» زانو زد و افتخار میزبانی حضرت نصیب او شد. 
آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در این شهر زندگی کرد و در این مدت مشغول عبادت و راز و نیاز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام «بیت النور» هم اکنون محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است. 
سرانجام در روز دهم ربیع الثانی و «بنا بر قولی دوازدهم ربع الثانی» سال ٢٠١ هجری پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوی محل فعلی که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند. همین که قبر مهیا شد دراین که چه کسی بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشکل شدند، که ناگاه دو تن سواره که نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پیدا شدند و به سرعت نزدیک آمدند و پس از خواندن نماز یکی از آن دو وارد قبر شد و دیگری جسد پاک و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاک نهان سازد. 
آن دو نفر پس از پایان مراسم بدون آن که با کسی سخن بگویند بر اسب های خود سوار و از محل دور شدند.بنا به گفته بعضی از علما به نظر می رسد که آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) باشند چرا که معمولاً مراسم دفن بزرگان دین با حضور اولیا الهی انجام شده است. 
پس از دفن حضرت معصومه(س) موسی بن خزرج سایبانی از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد(ع) به سال ٢٥٦ هجری قمری اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد و بدین سان تربت پاک آن بانوی بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبیت (ع). و دارالشفای دلسوختگان عاشق ولایت وامامت شد."آفتاب" سالروز وفات آن حضرت را به تمام عاشقان حضرتش تسلیت می گوید.
احادیثی پیرامون حضرت معصومه(س)
قال الصادق علیه السلام:
ان للّه حرماً و هو مکه ألا انَّ لرسول اللّه حرماً و هو المدینه ألا وان لامیرالمؤمنین علیه السلام حرماً و هو الکوفه الا و انَّ قم الکوفه الضغیره ألا ان للجنه ثمانیه ابواب ثلاثه منها الی قم تقبض فیها اموأه من ولدی اسمها فاطمه بنت موسی علیهاالسلام و تدخل بشفاعتها شیعتی الجنه با جمعهم
خداوند حرمی دارد که مکه است پیامبر حرمی دارد و آن مدینه است و حضرت علی (ع) حرمی دارد و آن کوفه است و قم کوفه کوچک است که از 8 درب بهشت سه درب آن به قم باز می شود - زنی از فرزندان من در قم از دنیا می رود که اسمش فاطمه دختر موسی (ع) است و به شفاعت او همه شیعیان من وارد بهشت می شوند.
عن سعد عن الرضا(ع) قال:
یا سعد من زارها فله الجنه
ثواب الأعمال و عیون اخبار الرضا(ع): عن سعد بن سعد قال: سالت اباالحسن الرضا(ع) عن فاطمه بنت موسی بن جعفر (ع) فقال:
من زارها فله الجنه
امام رضا (ع) فرمود- کسی که حضرت فاطمه معصومه را زیارت کند پاداش او بهشت است . 
کامل الزیاره:عن ابن الرضا علیهماالسلام قال:
من زار قبر عمتی بقم فله الجنه
امام جواد - کسی که عمه ام را در قم زیارت کند پاداش او بهشت است .