از مهم‌ترین مسائل مرتبط با معماری مساجد، چگونگی طراحی فضاهای معنوی از جمله گنبدخانه می‌باشد. پژوهش حاضر، شفافیت گنبدها را در مساجد با تأکید بر عملکرد روشنایی فضایی، مورد بررسی قرار می‌دهد. اهمیت موضوع این مطالعه، علاوه بر آنکه باعث درک بهتر گونه‌ها از لحاظ عملکرد نوری و مقاصد مختلف گنبدها می‌شود؛ به دلیل اینکه عامل شفافیت معنوی هر نوع را در نظر می‌گیرد؛ می‌‌تواند فضاهای معنوی گنبدخانه را در معماری احیا کند. روش تحقیقی که برای این امر مورد استفاده قرار گرفته است؛ ترکیبی متوالی- تبیینی می‌باشد. در اینجا در مرحله‌ی اول، داده‌های کمی و سپس در مرحله‌ی دوم داده‌های کیفی گردآوری و تحلیل می‌شوند. در نهایت هر دو تحلیل کمی و کیفی یک‌جا مورد تفسیر قرار می‌گیرند. تحقیق حاضر، با استفاده از اندازه‌گیری‌های میدانی که ابزار مورد استفاده برای جمع‌آوری داده‌ها، دوربین‌های عکاسی و تصویربرداری و برای برداشت دقیق اطلاعات کمی روشنایی، از دستگاه‌های دیجیتالی روشنایی‌سنج و روشنایی‌سنج ساده استفاده شد. ضمن کاربست این روش، با بررسی اسناد و مدارک مرتبط با طراحی مساجد، و به صورت میدانی دو دسته مضمون برای طراحی گنبدخانه، با تأکید بر مفهوم شفافیت استخراج شده است که عبارتند از مضامین فیزیکی و معنوی. در این پژوهش با نظام‌مند کردن این مضامین در یک سامانه‌ی سلسله‌مراتبیِ دوسطحی، شبکه‌ی مضامینِ شفافیت فضایی برای طراحی گنبدخانه استخراج شده است که استناد به این شبکه، ارزیابیِ روشمند شفافیت فضاییِ گنبدخانه‌ی مساجد را میسرنمود. بدین صورت، بعد از کار میدانی به صورت نورسنجی به تبیین عوامل فیزیکی و کمی تأثیرگذار بر کیفیت روشنایی پرداخته شد و بعد از مشخص کردن عوامل فیزیکی تأثیرگذار بر کیفیت روشنایی گنبدخانه، به تبیین مؤلفه‌های کیفی شفافیت در ارتباط با شاخصه‌های کمی پرداخته شده و با مؤلفه‌های کیفی تبیین شده به ارزیابی درجه‌ی شفافیت گنبدخانه مساجد مورد بررسی شده؛ پرداخته شد. تجزیه و تحلیل اطلاعات نشان می‌دهد تمام مشخصه‌های متفاوت گنبدها به شیوه‌ی خود بر روی میزان معنویت و شفافیت -که نورگیرها ایجاد می‌کنند- تأثیر می‌گذارند. همچنین نشان می‌دهد که تجلی شفافیت معنوی در معماری مساجد در روابط دوطرفه با مستورسازی و روشن‌سازی می‌باشند و با مشخصه‌های شفافیت از جمله پویایی، سیالیت، پیوستگی، روابط بین فضای داخلی و خارجی، بی‌ماده شدن، انعطاف‌پذیری و سازگاری، خوانایی و مطلوبیت و گستره‌ی فضایی از طریق روشنایی ارتباط برقرار می‌کند. بدیهی است با درک بهتر اثرات این مشخصه‌ها، طراحی گنبدهای مدرن -که برای نیازهای معاصر مناسب‌تر هستند- امکان‌پذیر می‌شود.
