طبق موافقت نامه فی مابین وزارت راه و ترابری به نمایندگی معاونت آموزش، تحقیقات و فن آوری و دانشگاه علم و صنعت ارکان این سازمان به صورت زیر می باشد. 

1) هیئت امناء : هیئت امناء مرکز همان هیئت امنای دانشگاه علم و صنعت ایران می باشد.

2) رئیس : رئیس مرکز که نماینده قانونی در مراجع حقیقی و حقوقی می باشد از بین متخصصین و صاحبنظران در زمینه مربوطه به پیشنهاد رئیس دانشگاه و تائید دستگاه اجرایی و حکم رئیس دانشگاه منصوب می گردد.